做卵巢囊肿手术需要错开月经期，尽量远离经期，以免术后出现月经后出现盆腔充血，从而影响到卵巢切口的愈合。
如果卵巢囊肿是良性的，可以通过腹腔镜进行微创手术，在腹部开3-4个小洞，每一个小洞1-2cm，然后将囊肿切除。手术一般需要一个小时，不会对人体造成太大的伤害，而且恢复的很快，术后需要对切除的组织进行病理检查，确定为良性就能治疗。如果发现病理为恶性，则要进一步做进一步的手术，同时还要进行放疗、化疗等辅助治疗。术后1个月要注意多休息，避免剧烈的运动，多吃富含蛋白质的食物，可以增强体质，加快伤口的愈合。
卵巢切除手术，这应该是可以治疗好的，手术是彻底治疗卵巢囊肿的方法，药物治疗一般只有控制才能彻底治疗。大多数人不会复发，当然也有少数人会复发，所以术后定期检查，注意休息，保持好心情。
具体要看卵巢囊肿大小，对于体积为10cm以上、B超显示为非囊性暗区的卵巢囊肿，进行开腹手术，应完整取出囊肿，避免囊液外溢，刺激盆腹腔而引起不适。对于体积为5-6cm且B超显示为囊性或囊实性暗区的卵巢囊肿，可以考虑进行腹腔镜下卵巢囊肿剥除术，具有创伤小、美观、并发症少的优点。
如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
卵巢囊肿，做腹腔镜手术的话一般两周到一个月就可以恢复的差不多了。主要还跟做手术的大夫，技术有一定的关系。如果做得比较好的话，恢复起来更快。半个月就可以进行少量的运动的，也可进行适当的家务，而三个月内不可以有重体力运动的。