自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产后一般流干净了，具体分析如下：
自然流产可以排出体外，但也有一些身体素质比较弱的女性，会出现不洁的情况。如果是自然流产，一般在自然流产一周后到医院做详细的检查，如果还没有完全排出，一定要在医生的指导下进行清宫，避免感染，影响身体健康。如果已经排出了，日常生活中要注意清洁卫生，做好避孕措施，多吃一些有营养的食物，不要食用辛辣刺激性的食物，同时要把内裤和毛巾暴露在阳光下，消毒。
在临床上会表现为阴道流血逐渐减少。自然流产在临床上会有停经史，然后阴道会排除妊娠产物，并且在妊娠产物之后。如果是流干净了，在临床上会表现为阴道流血逐渐减少，而且没有下腹部疼痛，并且在七天左右阴道流血就会完全干净。临床的早孕反应在流产之后也会自行消失。通过查血hcg，呈持续下降的过程，并且血hcg大约在自然流产后20天左右会完全恢复到正常状态。建议：最好是及时到医院检查B超确认。流产后要注意休息，清淡饮食，避免辛辣刺激的食物，避免烟酒。
自然流产通常阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状。流产后随着子宫内膜的修复，子宫的收缩，如果出血逐渐停止，那么应该就是流产干净了。
如果有不全流产的现象还是要进行清宫治疗，以免发生感染而影响以后生育。清宫以后应注意休息，避免过度劳累，避免寒凉辛辣刺激性食物，禁止性生活一个月，有效避孕三到六个月后才可以再次怀孕。
阴道流血量少，没有腹痛等不适，一周内阴道流血停止，复查血绒毛膜促性腺激素检查呈明显下降的趋势就表明自然流产流干净了。如果阴道流血量比较多或者是一周以内仍有阴道流血，考虑是不全流产可能，应及时到就诊。