口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
儿童口腔溃疡治疗需要找出诱因，排除可能的致病因素。
需要增强儿童体质，减轻局部症状，促进溃疡愈合，刷牙时要注意避免口腔溃疡，选择软毛牙刷。要多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果。饮食方面要注意清淡，注意大便通畅，避免偏食。同时需要注意维生素的补充，可以通过多吃新鲜的水果和蔬菜缓解临床症状。平时还需注意养成规律的生活作息，避免对身体造成影响，降低口腔溃疡出现的概率。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
小儿口腔溃疡可以通过药物治疗、日常护理等方式进行治疗，具体分析如下：
小儿口腔溃疡主要是由细菌感染和上火所致。细菌感染可以在医生指导下服用一些具有抗菌消炎作用的药物，比如替硝唑、头孢克肟、甲硝唑等消炎药。上火引起的，可以口服金银花颗粒、龙胆泻肝丸、牛黄解毒片等。在治疗过程中尽量避免食用辛辣和刺激性的食品，避免食用生冷寒凉的食品，以免引起口腔粘膜不适。日常生活中要保持口腔清洁。
口腔溃疡在一周左右就可以自行痊愈，还可以往溃疡的地方局部涂抗炎类药物，多吃白菜，白菜中含有维生素对口腔溃疡具有疗效。木耳具有抗溃疡作用，所含的营养物质可以促进溃疡面愈合。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。