口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
口腔囊肿以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。
口腔米脂症为高血脂患者口腔粘膜所反映出的疾病，为脂肪粒沉着，无具体治疗方案。
皮脂腺异位症不会造成任何不适，因此无需治疗。因为无论哪一种处理，都具有伤害性，可导致继发细菌感染，也可遗留疤痕等疾病。饮食方面少吃辛辣食物,冻品饮料,戒酒戒烟,有上述症状,可用些药物调理治疗,如服用口炎清冲剂,多补充些水分。如果不及时彻底地清除病灶就有导致瘢痕增生和畸形形成的风险。如果病人坚持切除病灶，可采用C02激光术。
口腔霉菌感染一般都会是长期的应用抗菌素或者是口腔卫生做的不好引起来的，需要局部应用抗真菌药物，比如相关药物涂抹同时注意漱口，保持口腔卫生。日常合理饮食，增加营养，补充维生素，注意避免应用激素，广谱抗生素等，具体应遵循临床医师。
不同的宝宝可能口腔敏感期会有不同，所以在宝宝出现吃手的情况后，作为父母不要阻止宝宝吃手，而是要引导宝宝学会将自己的注意力转移，比如给宝宝一些喜欢的玩具，宝宝看到玩具有，自然会放弃吃手的习惯，去拿玩具来玩耍了。但是父母要注意给宝宝拿玩具要注意玩具的干净和卫生。
