治疗卵巢囊肿是从整体观入手，硫肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒，全面调节内分泌使气面血活，活跃脏腑，经络为本，气血为用，气血是肌体的物质基础，脏腑是气血生化之源，起着分管血的生成，统摄与运行。
生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
一般生理性的囊肿都会消失的，不用处理。病理性的卵巢囊肿如果体积小于3.0厘米，一般不需要治疗。在3到5厘米之间时要定期复查，5.0厘米及上时可以考虑手术治疗。卵巢囊肿手术治疗一般只需要剔除囊肿，不会切除子宫。平时鉴定，主要是通过连续监测三个月，如果月经第三天的时候，卵巢处的囊肿持续性存在，一般诊断为病理性。