早期肾囊肿没有症状，不会出现身体的不适，不需要治疗，只需要每6个月到12个月复查一次就可以，出现症状或囊肿较大时，一般才用手术治疗，可以基本控制疾病，当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。
肾囊肿一般大于4厘米才需要处理，肾囊肿相当于肾脏上面长了一个水泡，当肾囊肿大于4厘米的时候，建议可以到医院选择手术治疗。比较常用的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这种手术方式属于微创手术，主要是将肾囊肿的顶壁去除，然后将里面的囊液引流出来。
肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
如果囊肿较小，直径小于5cm，无肾实质或肾盂明显受压，无感染、恶变，患高血压的人都不主张手术，可定期检查。如果囊肿较大，直径大于5cm，或有明显压迫肾脏、感染等表现，则应行手术治疗。
肾囊肿一般大于4cm才需要处理，肾囊肿相当于肾脏上面长了一个水泡，当肾囊肿大于4cm的时候，可以选择手术治疗。手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这种手术方式属于微创手术，主要是将肾囊肿的顶壁去除，然后将里面的囊液引流出来。对于比较小的肾囊肿，一般不需要进行处理，可以进行复查，每半年做一次泌尿系彩超。
正常胎儿生长的集合系统可有轻度的分离，分离径可达6毫米，而胎龄大约30周后肾盂扩张≥10毫米或存在肾小盏扩张为肾积水。肾囊肿是肾脏的一种良性病变，多是先天性的，除多囊肾或巨大囊肿需要治疗。