自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
药流后有出血和腹痛现象是正常的，一般要持续3-5天，孕囊排出以后疼痛会减轻，但是还会有出血。药流出血不会超过2周，2周以后一定要去b超复查是否流干净和是否有感染，注意一个月内不要同房坐浴。
可吃一些有营养的食物。当然可以用猪肉。如果包皮过长，必须进行包皮环切。否则，如果包皮过长，很容易藏污纳垢，影响性生活质量。包皮环切术后伤口护理非常重要。为了避免做太剧烈的运动，不要吃辛辣的食物来刺激感冒。性是被禁止的。
药流第三天吃药，需要注意吃药前后空腹两小时，而且应该到医院观察，不要在家私自用药，以免引起大出血，不能及时得到救治，出现休克，有生命危险。同时也要注意观察，排除的内容是否有绒毛膜样组织。
药流第3天一般在服药之后6个小时之内，绝大多数病人都会排出孕囊。但是也有人对药物不敏感，有可能在6个小时之内排不出孕囊，就需要再次加强服用一次药物。如果服用药物之后还是没有排出，流血不多，没有腹痛，就可以在第2天接着服药。如果发生阴道流血增多，量大于平时月经量的2倍，就要及时行清宫术治疗。