子宫内膜异位症有西医手术治疗与中医保守治疗。手术治疗：分保守手术及手术两种。年轻或尚需保留生育机能的女性，可行子宫内膜异位囊肿剥除术及病灶切除术为保守手术；对不要再生育的女性，可行全部子宫及病灶切除，保留一侧或双侧部分卵巢，术后辅以药物治疗，复发率较低；近绝经期的妇女可行手术，行全子宫、双卵巢、输卵管切除术以及病灶切除术可避免复发。
子宫内膜异位症做宫腹腔镜手术后该注意多休息的，不要立刻下床。比较容易会滋生子宫下垂的问题，而且手术以后不要吃辛辣刺激的食物。要注意自身保暖，避免受寒着凉。月经期要做学会控制情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌失调。
肚脐下边有一个肿物如果做彩超，显示子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，手术以后需要注意休息，不要剧烈运动，少吃辛辣刺激及寒性的食物。女性月经期一定要杜绝性活；月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动；女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流；月经期要做学会控制情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌失调；随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
子宫内膜异位症，不是所有的子宫内膜异位症都需要手术。疼痛难忍，如果疼痛已经严重地影响生活，不管是来月经的时候，月经的间歇期的时候，都要去吃止痛药、打止痛针，甚至这样都没有办法缓解症状的时候，可以手术治疗的。
子宫内膜异位症术后是需要用要治疗的，用药后，第二个月开始闭经，停药后短期内即可恢复排卵。如果进行的是腹腔镜微创手术，并且没有子宫瘢痕的话，一般术后第二个月即可开始备孕。
约有50%左右内子宫内膜异位症者伴有不孕，在不明原因不孕中，约30-40%患子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起的。