衣原体肺炎一般指肺炎衣原体肺炎，可以使用阿奇霉素、罗红霉素等药物治疗。
肺炎衣原体肺炎是肺炎衣原体感染导致的肺部急性炎症，主要通过飞沫传播，常表现为发热、咽痛、头痛，症状通常较轻，患者可以在医生指导下使用阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、左氧氟沙星等药物治疗。
如果是咳嗽、咳痰比较严重，可以服用氨溴索、右美沙芬等，如果体温高于38.5℃可以服用退烧药，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
支原体肺炎和衣原体肺炎都比较严重，肺炎支原体肺炎是由肺炎支原体引起的呼吸道和肺部的急性炎症改变，肺炎衣原体肺炎多因为肺炎衣原体发病，是一种急性的肺部炎症，极容易累及到患者的上下呼吸道，可诱发咽炎、喉炎以及扁桃体炎等疾病出现。
肺炎衣原体阳性，可能提示衣原体感染。
但要结合症状，肺炎衣原体，是近年来确定的衣原体新种，可引起上、下呼吸道感染。如果有明显的上、下午呼吸道感染症状，可确诊。同样的，肺炎支原体阳性，也可能提示支原体感染，支原体感染主要以间质性肺炎为主，部分患者可能有头痛、发热、咳嗽等呼吸道症状。但是症状的轻重程度不太相同。
支原体与衣原体肺炎症状轻重不一，有时无任何症状。支原体肺炎主要是飞沫传播，症状明显者应该尽快给予治疗。
支原体和衣原体都是属于外源性的细菌，感染人体后都会引起一些疾病，但是这两种细菌感染的部位不同，支原体感染主要影响感染肺部的正常功能，会引起导致支原体肺炎，导致出现呼吸困难，咳嗽，发烧，咳痰等症状。而衣原体的感染主要会感染泌尿道的粘膜，导致出现泌尿道疼痛瘙痒。
衣原体肺炎可以采用大环内酯类的药物进行治疗，也可以对症进行处理。衣原体肺炎可能会出现咳嗽、咽部声音嘶哑、咽喉疼痛、头痛等症状。可以在医生的指导下，服用止咳化痰的药物进行治疗，也可以服用清咽利喉的药物进行治疗。情况严重的采用大环内酯类的药物进行治疗。衣原体肺炎治疗期间，需要注意休息，尽量不要吃油腻的食物。