子宫内膜异位症是不孕不育的最常见的病例之一，子宫内膜异位症还可以发生盆腔内、输卵管、子宫、卵巢的粘连，导致盆腔内大部分器官完全粘连，这样的女性是不能怀孕的。腹腔镜检查及免疫学检测是目前子宫内膜异位症不孕检查的主要方法。手术对接触疼痛、促进生育功能效果较好，所以是治疗内异症的主要措施。手术：保守手术，青年有生育要求的，保留子宫及附件，至少保留一侧。
年轻，有生育要求者一般选用保守性手术，只切除病灶，保留子宫及附件(尽量保留双侧)。对于一些无生育要求，病灶严重，且年龄在45岁以下的女性朋友，可以选择半治疗手术，尽可能保留一侧正常的卵巢组织，而全切子宫和病灶，术后复发率低，后遗症少。
子宫内膜异位症并不一定导致不孕，但是子宫内膜异位症导致不孕风险比较大。根据情况酌情选择药物治疗，或者是手术治疗。如果子宫内膜异位严重，治疗效果不理想，也可以考虑做试管婴儿，子宫内膜异位症建议尽早就诊治疗。
经血逆流：月经期子宫内膜腺上皮、间质细胞可经过输卵管进入盆腔，在卵巢和邻近的盆腔腹膜继续种植生长蔓延。医源性因素：由于剖宫产易将子宫内膜带至切口，直接种植导致剖宫产后腹壁子宫内膜异位症。家族遗传性：谷胱甘肽转移酶，半乳糖转移酶和雌激素受体的基因多态性与子宫内膜异位有密切关系。四、炎症因素及免疫因素等。
子宫内膜异位症不孕可用药物治疗，采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
子宫内膜异位症会引起不孕，这是因为子宫内膜异位是有卵巢功能障碍表现，月经不调，不排卵或者是排卵障碍这都直接导致了不孕的发生，另外子宫内膜异位常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起，因而会导致不孕的发生。