扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
扁平疣是一种病毒感染性的皮肤病，通常临床所用的药膏可能多种多样，一般到医院就诊的病人会首先建议做电离子激光，把可见的扁平疣疣体去掉，然后再外用药膏，这种相当于跟病毒打仗：去除90个病毒，剩下的10个在表皮下通过药膏可能就把它杀灭了。
一般情况下，扁平疣是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病。具体内容如下：
不注意个人卫生、病毒感染等原因可能导致患者出现扁平疣，这是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病，患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用维A酸乳膏、重组人a-2b干扰素乳膏等药物进行治疗，如果情况严重，还可以前往正规医院，通过液氮冷冻、激光烧灼来治疗。
一般情况下，脸上扁平疣可以通过日常护理、使用药物等方式进行处理，具体内容如下：
扁平疣是由HPV感染造成的皮肤疣状增生物，如果出现脸上扁平疣的情况，患者平时应做好个人的卫生护理，避免抓挠患处，以免加重感染的情况，还可以在医生的指导下使用药物进行治疗，如维A酸乳膏、水杨酸软膏、他扎罗汀凝胶等药物治疗，有较好的治疗效果。
如果有扁平疣，可通过以下药物治疗：
1.可以服用重组人干扰素α-2b凝胶、咪喹莫特软膏等调整免疫力的药物；
2.还可以选择维A酸乳膏、他扎罗丁凝胶、阿达帕林凝胶等维甲酸类的药物。外用药渗透性、吸收性都比较差，而且皮损比较多；
3.可以通过激光、电灼等物理疗法来进行；
4.免疫功能低下的人容易得扁平疣，所以可以服用一些可以提高免疫力的药物，例如转移因子胶囊。